Mata kuliah Ekologi Perairan  merupakan mata kuliah membahas pokok pokok bahasan yang meliputi ekosistem perairan laut, estuaria, sungai dan danau. Interaksi antara faktor abiotik (pH, temperature, kekeruhan, salinitas, DO, COD, konduktivitas, dll.) dan biotik (organisme planktonik, nekton, dan benthos) dalam ekosistem untuk mengantarkan mahasiswa mampu memahami dan menjelaskan faktor-faktor pembatas, dampak aktivitas manusia, dan teknik pemantauan lingkungan.